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La secuenciación NGS es una técnica coste-eficaz para analizar toda la secuencia codificante de un gen o un pequeño grupo de genes.
Resumen del NGS
La secuenciación NGS está recomendada para pacientes con:
- Características clínicas de una enfermedad monogénica.
- Antecedentes familiares de una enfermedad monogénica.
Las principales aplicaciones de la secuenciación NGS son:
- Identificar la causa molecular de una enfermedad monogénica o asociada a pocos genes.
Resultados e informes
Los resultados de las pruebas se interpretan de acuerdo con las guías y recomendaciones internacionales de American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) y la European Society of Human Genetics (ESHG), tal y como se describe a continuación.
- Presencia de una variante patogénica o probablemente patogénica
- La identificación de una variante patogénica o probablemente patogénica asociada al fenotipo clínico estudiado indica que el resultado es compatible con el diagnóstico de esa enfermedad.
- Este resultado permite proporcionar asesoramiento genético y orientación sobre el manejo clínico de la enfermedad, pronóstico, la aplicación de medidas preventivas o terapéuticas y posibles implicaciones reproductivas o para otros miembros de la familia.
- Ausencia de una variante patogénica o probablemente patogénica
- La ausencia de una deleción o duplicación patogénica o probablemente patogénica asociada con el fenotipo clínico estudiado indica que no se ha identificado la causa molecular de la enfermedad o condición. Este resultado no confirma ni descarta la indicación clínica de la prueba y no garantiza que el paciente pueda tener cualquier otro trastorno genético. Por esta razón, este resultado no elimina el riesgo de descendencia futura. Un resultado negativo puede explicarse por varias causas, como, por ejemplo, limitaciones en el conocimiento genético actual o derivadas de la metodología utilizada.
- Variante de Significado Incierto (VUS)
- Una “variante de significado incierto” (VUS) es un cambio genético cuyo impacto clínico en el paciente aún no se conoce. La presencia de un VUS no aclara si el paciente tiene un mayor riesgo de desarrollar la enfermedad genética o si podría tratarse de una variante genética normal. En estos casos, suelen solicitarse análisis adicionales, que incluyan tanto a los padres como a otros miembros de la familia, con el objetivo de determinar la segregación familiar de dicha variante. También se pueden necesitar registros médicos detallados o información de otros miembros de la familia para ayudar a aclarar el resultado o pruebas clínicas complementarias.
- La interpretación de los resultados se basa en la información actualmente disponible en la literatura médica, la investigación y las bases de datos científicas.
Podemos obtener distintos tipos de resultados:
Requisitos de muestras
En los casos prenatales:
- Es altamente recomendable el contacto previo con el laboratorio y la planificación de los tiempos para evitar posibles incidencias con los plazos prenatales.
- Se requiere muestra de sangre materna junto con las correspondientes muestras prenatales obtenidas mediante líquido amniótico, biopsia corial o restos fetales con el objetivo de descartar una posible contaminación de la muestra fetal con muestra materna.
- Otras muestras familiares pueden ser solicitadas como controles positivos.
- Todos los casos prenatales son procesados con la máxima prioridad.
Se requiere un adecuado etiquetado de los tubos con la información necesaria del paciente que permita su identificación inequívoca. Un etiquetado incorrecto puede implicar un rechazo de la muestra. La información mínima requerida para identificar y aceptar una muestra es: nombre completo del paciente, fecha de nacimiento, sexo y número de registro médico.
El formulario solicitud y el correspondiente consentimiento informado deben estar debidamente cumplimentados y firmados por el paciente y médico prescriptor.
Limitaciones
- La secuenciación NGS es un estudio genético que permite analizar un limitado grupo de genes.
- La secuenciación NGS permite identificar mutaciones presentes en mosaico en un porcentaje superior al 10% de las células.
- La secuenciación NGS no permite identificar deleciones o duplicaciones que afecten a parte o a todo el gen analizado, ya que no es la técnica adecuada para ello.
