CMA – Microarray cromosómico

CMA HD (el CMA más sensible)

• Sondas de CNVs (1.9 millones) + SNP (750 K)
• Cobertura de genoma completo
• Puede detectar regiones de baja heterocigosidad, disomía uniparental (UPD), bajos niveles de mosaicismo y heterogeneidad de la muestra
• Máxima densidad de sondas

CMA 750K (el CMA más coste-eficaz)

• Sondas de CNVs (550K) + SNP (200 K)
• Mayor densidad de sondas en regiones de relevancia clínica
• Permite identificar regiones de alta homocigosidad sugerente de UPD, puede mostrar consanguinidad, etc

Requisitos muestras

En los casos prenatales:

• Es altamente recomendable el contacto previo con el laboratorio y la planificación de los tiempos para evitar posibles incidencias con los plazos prenatales
• Se requiere muestra de sangre materna junto con las correspondientes muestras prenatales obtenidas mediante líquido amniótico, biopsia corial o restos fetales con el objetivo de descartar una posible contaminación de la muestra fetal con muestra materna
• Otras muestras familiares pueden ser solicitadas como controles positivos.
• Todos los casos prenatales son procesados con la máxima prioridad

Se requiere un adecuado etiquetado de los tubos con la información necesaria del paciente que permita su identificación inequívoca. Un etiquetado incorrecto puede implicar un rechazo de la muestra. La información mínima requerida para identificar y aceptar una muestra es: nombre completo del paciente, fecha de nacimiento, sexo y número de registro médico. El formulario solicitud y el correspondiente consentimiento informado deben estar debidamente cumplimentados y firmados por el paciente y médico prescriptor.

Limitaciones técnicas

Es posible que no se identifiquen deleciones inferiores a 50 kb y duplicaciones menores de 400 kb. En el informe se incluyen aquellas variaciones en el número de copias (CNV) con cierta relevancia clínica. No se incluyen aquellas CNVs con una alta frecuencia poblacional o que afecten a regiones sin genes relevantes. Las regiones de alta homocigosidad se informan cuando una sola región de homocigosidad es mayor de 8-15 Mb (dependiendo de la ubicación cromosómica y la probabilidad de asociación a un trastorno de impronta), o cuando la proporción de la región autosómica es superior al 3% y mayor a 3 Mb). La referencia para las posiciones genómicas es la secuencia genómica de referencia: NCBI build 37 (hg19). Los resultados se interpretan siguiendo las recomendaciones internacionales y los criterios de International Standard of Cytogenomics Arrays (ISCA):

Deleción o duplicación, patogénico o probablemente patogénica identificada

• La identificación de una deleción o duplicación patogénica o probablemente patogénica asociada al fenotipo clínico estudiado indica que el resultado es compatible con el diagnósticode esa enfermedad o condición clínica.
• Este resultado permite proporcionar asesoramiento genético y orientación sobre el manejo clínico de la enfermedad, pronóstico, la aplicación de medidas preventivas o terapéuticas y posibles implicaciones reproductivas o para otros miembros de la familia.

No se ha identificado ninguna deleción/duplicación patógena o probablemente patógena

• La ausencia de una deleción o duplicación patogénica o probablemente patogénica asociada con el fenotipo clínico estudiado indica que no se ha identificado la causa molecular de la enfermedad o condición. Este resultado no confirma ni descarta la indicación clínica de la prueba y no garantiza que el paciente pueda tener cualquier otro trastorno genético. Por esta razón, este resultado no elimina el riesgo de descendencia futura. En el caso de que se conozca la presencia de una alteración genética previa, un resultado negativo sí que descarta la presencia de esa variante genética en el paciente. Un resultado negativo puede explicarse por varias causas, como, por ejemplo, limitaciones en el conocimiento genético actual o derivadas de la metodología utilizada.

No concluyente o Variante de Significado Incierto (VUS):

• El hallazgo de una variante de significado incierto (VUS) indica que se ha detectado una variante de la que, actualmente, se desconocen las implicaciones clínicas y biológicas y su posible asociación con una determinada enfermedad. Este resultado no permite conocer si el paciente estudiado tiene un mayor riesgo de desarrollar un trastorno o enfermedad genética. En estos casos, es posible que se recomienden análisis adicionales, que incluyan tanto a los padres como a otros miembros de la familia, con el objetivo de determinar la segregación familiar de dicha variante. También se pueden necesitar registros médicos detallados o información de otros miembros de la familia para ayudar a aclarar el resultado o pruebas clínicas complementarias.
• La interpretación de los resultados se basa en la información actualmente disponible en la literatura médica y en las bases de datos científicas. Debido a que el conocimiento médico y científico cambian constantemente, los datos es los que se ha basado la interpretación de los resultados pueden variar en el tiempo. La reanálisis de los resultados en informes emitidos anteriormente no se realiza de forma rutinaria, pero está disponible previa petición.